Beckenbauer dilantik sebagai ketua jurulatih Jerman Barat untuk menggantikan Jupp Derwall. Beliau membawa pasukan Jerman mara ke perlawanan akhir Piala Dunia 1986 namun terpaksa akur tewas kepada Argentina yang dibintangi legenda Diego Maradona.[13]

Pada tahun 1990, sebelum penyatuan semula Jerman, Beckenbauer mengendali pasukan Jerman tanpa kelibat pemain dari negara Jerman Timur yang memenangi Piala Dunia 1990 selepas menewaskan Argentina 1-0 dalam perlawanan akhir dan dianggap pengulangan final Piala Dunia lalu. Beckenbauer bersama Mario Zagallo menjuarai Piala Dunia ketika menjadi pemain dan pengurus pasukan kebangsaan.[14]

Beckenbauer seterusnya mengambil alih pengurusan kelab dengan menerima jawatan pengurus Olympique de Marseille pada tahun 1990 tetapi meninggalkan kelab Perancis tersebut selepas setahun. Marseille akhirnya menjuarai liga Perancis dan menjadi naib juara Piala Eropah.

Dari 28 Disember 1993 hingga 30 Jun 1994 dan seterusnya mulai 29 April 1996 hingga 30 Jun pada tahun yang sama, beliau mengendali pasukan Bayern Munich. Dua tempohnya di kelab Bavaria itu menyaksikan beliau meraih beberapa pencapaian antaranya gelaran Bundesliga pada tahun 1994 dan Piala UEFA pada tahun 1996.

Pada tahun 1994, beliau mengambil alih jawatan presiden kelab Bayern dan banyak kejayaan pada tahun-tahun sesudahnya telah diraih hasil pengurusan bijak Beckenbauer. Berikutan keputusan kelab untuk berubah kepada sebuah syarikat terhad, beliau telah menjadi pengerusi lembaga penasihat sejak tahun 2002.

Pada tahun 1998, beliau merupakan naib presiden Persatuan Bola Sepak Jerman (DFB).[15] Pada penghujung tahun 1990an, Beckenbauer sebagai ketua pembida berjaya membantu Jerman memenangi pembidaan sebagai tuan rumah atau pengajur bagi kejohanan Piala Dunia 2006.[16] Beliau turut memengerusi jawatankuasa antarabangsa bagi Piala Dunia dan seorang pengulas untuk tabloid Jerman, Bild-Zeitung.